La separación de la Universidad Francisco Marroquín se realizó en el marco de un convenio que permite a los estudiantes inscritos, inclusive para el ciclo del año 2000, graduarse en la universidad que se inscribieron (UFM), dando un plazo máximo hasta el 2007 para que concluyan sus estudios. Esto incluye alumnos de licenciaturas, ingenierías, maestrías y postgrados.

Los estudiantes inscritos para primer ingreso en las carreras que ofrece FISICC desde el ciclo 2001 serán estudiantes exclusivamente de Universidad Galileo, no teniendo la opción mencionada anteriormente. La estructura de cursos y el claustro de docentes seguirá siendo el mismo. Los estudiantes podrán disponer, como hasta la fecha, del parqueo, biblioteca y otros servicios de la Universidad Francisco Marroquín.